Анализ данных, предоставленных Корейским биобанком, позволил выявить более сотни не описанных ранее генетических ассоциаций

Анализ данных, предоставленных Корейским биобанком, позволил выявить более сотни не описанных ранее генетических ассоциаций

19 октября 2022

Для повышения репрезентативности среди восточноазиатских популяций в генетических исследованиях учёные провели полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) для ряда фенотипических признаков с использованием данных Корейского биобанка (Korean biobank). Результаты работы опубликованы в журнале Cell Genomics.

Несмотря на то, что крупные биобанки, такие как Британский биобанк (UK Biobank) и Биобанк Финляндии (FinnGen), включают геномы людей азиатского происхождения, их недостаточно для исследований среди неевропейских популяций.

Учёные Сеульского национального университета (Seoul National University) проанализировали данные 72 000 человек, предоставленные Корейским биобанком в рамках Корейских исследований генома и эпидемиологии (Korean Genome and Epidemiology Study, KoGES). Полногеномный поиск ассоциаций проводился по 76 фенотипическим признакам и позволил обнаружить более ста не описанных ранее ассоциаций. Полученные результаты были интегрированы с данными Биобанка Японии (Biobank Japan). Это дало возможность расширить количество идентифицированных ассоциаций до 370, что значительно увеличивает прогностическую эффективность полигенной оценки риска для восточноазиатских популяций.

«Нам были необходимы результаты GWAS в азиатских популяциях, для того чтобы более точно прогнозировать риск развития различных заболеваний», – пишет ведущий автор исследования Сынгын Ли (Seunggeun Lee).

KoGES – это проспективное когортное исследование, в котором приняли участие 72 298 человек, состоящих в национальном медицинском регистре. Все они прошли подробное анкетирование, сдали биохимический анализ крови и генетические анализы на платформе KoreanChip.

GWAS был основан на 14 заболеваниях, анализ которых включал: 31 биомаркер, 23 признака, связанных с питанием и обменом веществ, и 8 – с употреблением и метаболизмом алкоголя. Всего было выявлено 1 455 генетических локусов, связанных с 42 фенотипами, из которых 122, влияющих на 32 признака, не были описаны ранее. Многие из полученных результатов показали хорошую воспроизводимость на данных, предоставленных Биобанком Японии.

Большинство из обнаруженных полиморфизмов чаще встречаются среди людей корейского, а не европейского происхождения. Это подчёркивает необходимость расширения популяционного состава участников генетических исследований. Например, вариант rs939955, находящийся между генами CYP3A4 и CYP3A7, влияющий на уровень триглицеридов в крови, встречается в корейской когорте с частотой минорного аллеля (MAF), равной 0,22, а в европейской – 0,002. Вариант rs1314013 в гене ZEB1, который связан с массой тела, присутствует в корейской когорте с MAF, равной 0,17, по сравнению с 0,04 для европейцев.

Метаанализ объединённых корейских и японских данных для девяти признаков заболеваний и 23 биомаркеров позволил обнаружить 379 новых значимых ассоциаций. Благодаря полученным результатам были созданы полигенные шкалы оценки риска для пяти параметров: систолического и диастолического артериального давления, уровней липопротеинов высокой и низкой плотности и триглицеридов.

Далее учёные сравнили эффективность полигенных шкал риска развития заболеваний, созданных по данным только японской или корейской популяции, или других биобанков, и объединённой когорты. Шкалы на основе метаанализа показали лучшие результаты для всех фенотипов по сравнению с японскими шкалами и для трёх из пяти признаков по сравнению со шкалами Британского биобанка. Исследователи отметили, что такая существенная разница может быть связана с разным масштабом выборок: Британский биобанк предоставил более 400 000 образцов, Японский – 140 000, а в метаанализ вошли 210 000 проб. Тем не менее, мультиэтнические шкалы оценки риска, разработанные путём объединения данных восточноазиатских и европейских популяций, показали лучшие результаты, чем шкалы, созданные на основе Японского или Британского биобанков.

«Наше исследование продемонстрировало, что объединённый метаанализ способствует улучшению прогнозирования риска развития заболеваний для представителей восточноазиатской популяции. Мы выявили генетические ассоциации с разными фенотипами, характерные для представителей восточноазиатской группы. Это поможет выстроить генетическую архитектуру других сложных признаков. Протоколы GWAS и метаанализа доступны на сайте PheWeb.», – пишут авторы.

Источник: https://www.genomeweb.com/microarrays-multiplexing/korean-biobank-data-analysis-uncovers-more-hundred-novel-genetic#.Yz_dAXZBzDc

Подпишитесь на наши обновления

Подпишитесь на нашу информационную рассылку, чтобы оставаться в курсе новостей в мире генетики
Ваш e-mail
Спасибо за подписку!