Мультипредковый GWAS позволяет прогнозировать риск развития сахарного диабета 2-го типа в разных популяциях

Группа учёных из Оксфордского университета (University of Oxford) провела мультипредковый мета-анализ полногеномных ассоциаций (multi-ancestry GWAS), посвящённый сахарному диабету 2-го типа (СД2). В ходе исследования было обнаружено более 300 генетических изменений, связанных с СД2, которые впоследствии были сопоставлены с предполагаемыми причинными генами и использованы для составления полигенных шкал риска для разных популяций.

«Мультипредковые показатели генетического риска повысили точность прогноза развития СД2 в различных группах населения», – написали авторы, отметив, что данная работа – это «шаг к более эффективным клиническим исследованиям GWAS при СД2, которые могут значительно повлиять на здоровье всех пациентов, независимо от их генетического происхождения».

В рамках консорциума DIAMANTE (Diabetes Meta-Analysis of Trans-Ethnic association studies – Мета-анализ межэтнических ассоциаций при диабете) учёные провели мультипредковый анализ GWAS и анализ GWAS по отдельным популяциям и собрали данные генотипирования 180 834 человек с СД2 и почти 1,2 миллионов участников контрольной группы без заболевания. Около 49% добровольцев были европейцами, в выборку также входили люди восточноазиатского, южноазиатского, африканского, смешанного происхождения и испаноязычные представители.

«Увеличение числа различных генетических исследований в конечном итоге позволит получить более полное и чёткое представление о генетическом вкладе в формирование сложных признаков у людей. А еще поможет учёным разобраться с молекулярными и биологическими процессами, приводящими к развитию распространённых заболеваний», – сообщили авторы.

На основе профилей более чем 19,8 миллионов биаллельных однонуклеотидных полиморфизмов (single-nucleotide polymorphism, SNP) на аутосомных хромосомах команда выявила клинически значимые геномные ассоциации с СД2 в 277 локусах (включая 237, отвечающих более строгим критериям значимости ассоциаций). В то же время было обнаружено 11 локусов, не описанных ранее.

Выборка включала 338 независимых ассоциаций с различными генетическими изменениями. Последующее тонкое картирование, включающее дополнительные геномные, функциональные и регуляторные данные, показало, что более 54% выявленных генетических изменений, связанных с СД2, относятся к SNP. По словам исследователей, с помощью полученных результатов можно будет более тщательно изучить молекулярные процессы, способствующие развитию СД2, и отследить причинные гены из набора ассоциированных SNP.

«Ценность исследований, проведённых на различных популяциях, в том, что они демонстрируют, как ассоциированные с СД2 варианты влияют на молекулярные и биологические процессы, лежащие в основе заболевания. Также они способствуют клиническому применению результатов GWAS для всех пациентов, независимо от их генетического происхождения», – отметили исследователи.

Поскольку в текущем анализе приняли участие люди разного происхождения, команда получила представление об ассоциациях, охватывающих различные группы населения. Благодаря этому учёные разработали генетическую шкалу риска СД2, которая превзошла уже имеющиеся специфические шкалы, основанные на данных более чем 129 200 финских участников проекта FinnGen.

«Наше исследование показывает преимущества генетической шкалы риска, полученной на основе мультипредковой мета-регрессии, для прогнозирования СД2 в пяти основных группах популяций», – заключили авторы.