С помощью секвенирования генома можно установить диагнозы детям с тяжелыми заболеваниями невыясненной этиологии
21 октября 2020
Исследование, проведенное учеными из США и Канады, показало, что секвенирование генома открывает новые возможности для постановки диагнозов детям, имеющим заболевания с невыясненной этиологией.
Сотрудники Госпиталя для больных детей (Hospital for Sick Children's) изучили аналитическую и клиническую валидность секвенирования генома в качестве диагностического теста для маленьких пациентов с тяжелыми заболеваниями. В исследовании приняли участие дети, предположительно, имеющие генетическое заболевание, которое не было выявлено с помощью стандартного генетического обследования. Всего было секвенировано 138 геномов у 49 семей.
Поскольку дети ранее проходили в среднем по четыре стандартных генетических теста, некоторые мутаций уже были известны и классифицированы как доброкачественные или как варианты с неизвестной клинической значимостью. При секвенировании геномов были выявлены все 124 таких случая, что, по словам исследователей, указывает на аналитическую достоверность метода.
15 из 49 пробандов (это 30,6%) после анализа данных секвенирования был поставлен первичный молекулярно-генетический диагноз, что говорит о высокой диагностической значимости этого теста.
У одного пациента с помощью хромосомного микроматричного анализа и мультиплексной ПЦР была обнаружена Х-сцепленная дупликация одного экзона в гене KDM6A, вызывающая синдром Кабуки, что не подтвердилось при секвенировании экзома.
У трех детей были впервые выявлены генетические отклонения: два аутосомно-доминантных синдрома с нарушениями нервно-психического развития и заболевание, связанное с белком RAC3. У девяти обнаружены очень редко встречающиеся генетические отклонения и заболевания с одним или несколькими атипичными признаками. Пяти пациентам было предложено наблюдение и даны рекомендации по лечению. Для ребенка с уридин-зависимой эпилептической энцефалопатией была подобрана таргетная терапия.
В четырех случаях после постановки диагноза было рекомендовано провести консультацию для родителей по поводу планирования будущих беременностей, так как риск рецидива в этих семьях составлял не менее 25%. Другие диагнозы были связаны с ненаследственными, вновь возникшими, вариантами генетических отклонений и имели низкий риск рецидива.
Ученые отметили, что это исследование имеет ряд ограничений. Во-первых, оно является одноцентровым. Во-вторых, критерии включения семей в комплексные программы отличаются в зависимости от учреждения, проводящего тестирование. Но несмотря на это, полученные результаты оправдывают использование секвенирования генома в качестве генетического исследования первой линии для детей с тяжелыми заболеваниями. Также ученые добавили, что дополнительные методы, например секвенирование РНК и анализ метилирования ДНК, могут еще больше повысить эффективность диагностики для таких пациентов.
Источник: genomeweb.com
Автор: Алина Вахитова
Сотрудники Госпиталя для больных детей (Hospital for Sick Children's) изучили аналитическую и клиническую валидность секвенирования генома в качестве диагностического теста для маленьких пациентов с тяжелыми заболеваниями. В исследовании приняли участие дети, предположительно, имеющие генетическое заболевание, которое не было выявлено с помощью стандартного генетического обследования. Всего было секвенировано 138 геномов у 49 семей.
Поскольку дети ранее проходили в среднем по четыре стандартных генетических теста, некоторые мутаций уже были известны и классифицированы как доброкачественные или как варианты с неизвестной клинической значимостью. При секвенировании геномов были выявлены все 124 таких случая, что, по словам исследователей, указывает на аналитическую достоверность метода.
15 из 49 пробандов (это 30,6%) после анализа данных секвенирования был поставлен первичный молекулярно-генетический диагноз, что говорит о высокой диагностической значимости этого теста.
У одного пациента с помощью хромосомного микроматричного анализа и мультиплексной ПЦР была обнаружена Х-сцепленная дупликация одного экзона в гене KDM6A, вызывающая синдром Кабуки, что не подтвердилось при секвенировании экзома.
У трех детей были впервые выявлены генетические отклонения: два аутосомно-доминантных синдрома с нарушениями нервно-психического развития и заболевание, связанное с белком RAC3. У девяти обнаружены очень редко встречающиеся генетические отклонения и заболевания с одним или несколькими атипичными признаками. Пяти пациентам было предложено наблюдение и даны рекомендации по лечению. Для ребенка с уридин-зависимой эпилептической энцефалопатией была подобрана таргетная терапия.
В четырех случаях после постановки диагноза было рекомендовано провести консультацию для родителей по поводу планирования будущих беременностей, так как риск рецидива в этих семьях составлял не менее 25%. Другие диагнозы были связаны с ненаследственными, вновь возникшими, вариантами генетических отклонений и имели низкий риск рецидива.
Ученые отметили, что это исследование имеет ряд ограничений. Во-первых, оно является одноцентровым. Во-вторых, критерии включения семей в комплексные программы отличаются в зависимости от учреждения, проводящего тестирование. Но несмотря на это, полученные результаты оправдывают использование секвенирования генома в качестве генетического исследования первой линии для детей с тяжелыми заболеваниями. Также ученые добавили, что дополнительные методы, например секвенирование РНК и анализ метилирования ДНК, могут еще больше повысить эффективность диагностики для таких пациентов.
Источник: genomeweb.com
Автор: Алина Вахитова
Спасибо за подписку!
