Учёные доказали клиническую значимость предоставления геномных результатов участникам исследований

Новое исследование, проведенное специалистами из женской больницы Бригама (Brigham Women's Hospital, BWH), Массачусетской больницы (Massachusetts General Hospital) и Гарвардской медицинской школы (Harvard Medical School), подчеркивает потенциальную ценность предоставления практических геномных результатов пациентам и преимущества обширного геномного тестирования лиц с генеалогическими и другими факторами риска. Также ученые показали, что для выявления факторов риска заболевания секвенирование более эффективно, чем генотипипование на чипах. При генотипировании на чипах получено до 45% ложноположительных результатов, а 72% потенциально опасных генетических вариантов не были обнаружены.

Опубликованная в American Journal of Human Genetics работа описывает результаты проекта BWH Genomes2People (G2P) по раскрытию важных для дальнейших действий генетических результатов участникам исследования, которые добровольно вызвались внести свой вклад в Биобанк «Mass General Brigham Biobank». Авторы сообщили, что по мере роста объемов геномных биобанков вопросы о том, как и зачем давать обратную связь с практически применимой медицинской информацией, становятся все более актуальными.

Ожидается, что количество запросов от участников с требованиями получить доступ к своим генетическим данным будет только расти. В связи с этим команда BWH постаралась поделиться информацией, которая, как они надеются, поможет другим исследователям, переживающим о затратах и организационных трудностях, при разработке собственных протоколов.

Ученые проанализировали примерно 36 000 образцов биобанка, сосредоточив внимание на 59 генах, ассоциированных с заболеваниями, при которых, согласно рекомендациям Американского колледжа медицинской генетики и геномики (American College of Medical Genetics), может быть оказана медицинская помощь. Они предложили клинически подтвердить и сообщить результаты всем субъектам с обнаруженными вариантами, являющимися патогенными или вероятно патогенными.

Добровольцы биобанка в основном были генотипированы с использованием чипов, нацеленных на конкретные, заранее выбранные участки ДНК. Но для некоторой части также было выполнено секвенирование следующего поколения. Команда первоначально идентифицировала 425 человек с потенциально важными находками, о которых можно было бы сообщить. Из них 293 были признаны подходящими, и с 256 удалось связаться по поводу предварительно выявленных вариантов. Из них 96 человек отказались от дополнительного тестирования. Основная причина отказа – неактуальность результатов исследования, так как испытуемые уже знали о своем повышенном риске или у них были выявлены более серьезные проблемы со здоровьем.

По словам авторов, 76% людей, которые согласились получить результаты с оценкой риска заболеваний, имели клинические показания для генетического тестирования. Тем не менее они никогда ранее не делали его и не подозревали, что являются носителями генетического варианта, который подвергает их повышенному риску.

«Многие люди имеют отягощенный личный или семейный анамнез, уже задокументированный в их медицинских картах, указывающий на то, что им следовало бы предложить генетическое тестирование, но они никогда не проходили его. У другой группы пациентов нет ни симптомов, ни отягощенного семейного анамнеза, которые могли бы насторожить врачей, но они имеют опасные генетические варианты риска», – заявила Кэрри Блаут Заватски (Carrie Blout Zawatsky), старший генетический консультант исследовательской программы G2P. «Наши результаты демонстрируют, что геномный скрининг - жизненно важная информация для пациентов, которые не знают, что они в опасности», - добавила она.

В рамках процесса подтверждения результатов для тех, кто согласился на информирование и последующее наблюдение, при клиническом секвенировании новых образцов команда выяснила, что 45% первоначально выявленных с помощью чипов вариантов были ошибочными. Кроме того, генотипирование на чипах не позволило идентифицировать 72% опасных вариантов, которые были обнаружены только путем массивного параллельного секвенирования в подгруппе людей, образцы которых были протестированы с помощью обоих методов.

«Многие биобанки полагаются на технологию генотипирования на чипах вместо использования секвенирования. Наша работа показывает, что генотипирование на чипах, хотя и является полезным инструментом исследования, может упускать варианты риска, которые обнаруживаются при полном секвенировании генов. Подтверждение результатов генотипирования на чипах посредством секвенирования также было критически важным, поскольку оно позволило нам отфильтровать ложноположительные результаты», – отметил соавтор исследования Мэтью Лебо (Matthew Lebo), главный директор лаборатории Mass General Brigham Laboratory for Molecular Medicine.

Ученые подсчитали затраты на отправку геномных результатов добровольцам биобанка (за исключением затрат на первоначальный анализ): общая стоимость программы составила 14 долларов на участника, или около 3000 долларов за всех добровольцев, которые были проинформированы.

Несмотря на то что планирование обратной отправки геномных результатов, полученных в контексте исследований, может быть сложным, авторы выразили надежду, что их выводы станут полезными для команд, стремящихся найти баланс между «проведением научных исследований, сохранением автономии, конфиденциальности участников и предоставлением информации, которая могла бы помочь в профилактике заболеваемости и снижении смертности среди тех, кто пожертвовал свою ДНК на благо науки».