Исследование генетики сахарного диабета 2 типа у людей из разных популяций обнаружило сотни новых локусов
12 июня 2020
Международная группа исследователей определила сотни новых генетических локусов, связанных с риском развития диабета 2 типа (СД2) в различных популяциях.
В полногеномном исследовании, опубликованном в Nature Genetics в понедельник, ученые рассказывают об обнаружении 318 ранее неизвестных аутосомных и Х-сцепленных вариантов, связанных с СД2 и с сосудистыми поражениями, характерными для этого заболевания. В работе использовались данные почти 230 000 случаев заболевания и 1,2 млн. контролей европейского, афроамериканского, латиноамериканского, южно-азиатского и восточно-азиатского происхождения.
Данные для мета-анализа были получены из ряда биобанков и консорциумов с неповторяющимися участниками, включая программу Million Veteran Program (MVP), на которую пришлось более чем 40 процентов случаев СД2. Другими участниками были DIAMANTE Consortium, биобанк Penn Medicine, геномный ресурс Pakistan Genomic Resource, Biobank Japan, Malmö Diet and Cancer Study, Medstar и PennCath. В исследовании приняли участие 56 000 афроамериканцев, и это, по словам авторов, «значительно больше, чем предыдущие исследования в Африке, опубликованные на сегодняшний день».
«Хотя кое-что уже известно об основах генетики диабета 2 типа, мы решили, что удвоение числа исследований больных СД2 улучшит статистику и приведет ко множеству новых открытий», − говорит Бенджамин Войт (Benjamin Voight), исследователь из Пенсильванского университета (University of Pennsylvania) и Медицинского центра обслуживания ветеранов (VA Medical Center) в Филадельфии.
По мнению Войта, одна из целей исследования заключалась в том, чтобы помочь ученым быстрее найти способы оптимизации здравоохранения и предоставляемой терапии для ветеранов. «Ветераны подвержены повышенному риску кардиометаболических заболеваний, поэтому наша группа замотивирована изучить и как можно быстрее понять генетическую основу таких заболеваний, как СД2», − говорит он.
Команда обнаружила 558 независимых однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), связанных с СД2, а еще 21 SNP были специфичны для европейцев по происхождению. Сосредоточившись на афроамериканских участниках, исследователи обнаружили 21 локус, связанный с восприимчивостью к СД2, три из которых были новыми и специфичными для этой группы. В испаноязычной подгруппе они идентифицировали два SNP, связанных с СД2. В азиатской подгруппе они не обнаружили новых локусов, связанных с СД2.
С помощью анализа транскриптома команде удалось идентифицировать 804 предполагаемых причинных гена, включая 54 гена, возможных мишени для лекарств и соединений, одобренных Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (US Food and Drug Administration).
Исследователи также обнаружили, что у пациентов с СД2 с высоким полигенным риском развития этого заболевания наблюдался повышенный риск развития ретинопатии и хронической болезни почек (ХБП), заболеваний периферических артерий и невропатии. По мнению ученых это может помочь выявить больных сахарным диабетом, подверженных риску развития осложнений.
Войт говорит, что у ученых есть множество стратегий для дальнейшего исследования. Команда планирует проанализировать больше генетических данных, а также дополнительные признаки, связанные с диабетом у членов MVP, такие как ожирение, жировая инфильтрация печени и болезни сердца. Идентификация специфических белков, связанных с повышенной восприимчивостью − это еще один шаг, который Войт хочет предпринять, наряду с использованием вычислительных, коллаборативных или химических скринингов, чтобы обнаружить соединения, которые, возможно, могут быть полезными для терапии. Кроме того, группа проявляет особый интерес к оказанию помощи пациентам с предрасположенностью к диабету, происходящим из афроамериканских и латиноамериканских семей.
«Мы также особенно заинтересованы в использовании всех генетических маркеров в масштабах всего генома для прогнозирования риска диабета, особенно у афроамериканцев и латиноамериканцев, пациентов с самыми серьезными отклонениями в здоровье», − сказал Войт.
Источник перевода: genomeweb.com
Автор: Марианна Королева
Научный консультант: Ольга Хрущова
В полногеномном исследовании, опубликованном в Nature Genetics в понедельник, ученые рассказывают об обнаружении 318 ранее неизвестных аутосомных и Х-сцепленных вариантов, связанных с СД2 и с сосудистыми поражениями, характерными для этого заболевания. В работе использовались данные почти 230 000 случаев заболевания и 1,2 млн. контролей европейского, афроамериканского, латиноамериканского, южно-азиатского и восточно-азиатского происхождения.
Данные для мета-анализа были получены из ряда биобанков и консорциумов с неповторяющимися участниками, включая программу Million Veteran Program (MVP), на которую пришлось более чем 40 процентов случаев СД2. Другими участниками были DIAMANTE Consortium, биобанк Penn Medicine, геномный ресурс Pakistan Genomic Resource, Biobank Japan, Malmö Diet and Cancer Study, Medstar и PennCath. В исследовании приняли участие 56 000 афроамериканцев, и это, по словам авторов, «значительно больше, чем предыдущие исследования в Африке, опубликованные на сегодняшний день».
«Хотя кое-что уже известно об основах генетики диабета 2 типа, мы решили, что удвоение числа исследований больных СД2 улучшит статистику и приведет ко множеству новых открытий», − говорит Бенджамин Войт (Benjamin Voight), исследователь из Пенсильванского университета (University of Pennsylvania) и Медицинского центра обслуживания ветеранов (VA Medical Center) в Филадельфии.
По мнению Войта, одна из целей исследования заключалась в том, чтобы помочь ученым быстрее найти способы оптимизации здравоохранения и предоставляемой терапии для ветеранов. «Ветераны подвержены повышенному риску кардиометаболических заболеваний, поэтому наша группа замотивирована изучить и как можно быстрее понять генетическую основу таких заболеваний, как СД2», − говорит он.
Команда обнаружила 558 независимых однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), связанных с СД2, а еще 21 SNP были специфичны для европейцев по происхождению. Сосредоточившись на афроамериканских участниках, исследователи обнаружили 21 локус, связанный с восприимчивостью к СД2, три из которых были новыми и специфичными для этой группы. В испаноязычной подгруппе они идентифицировали два SNP, связанных с СД2. В азиатской подгруппе они не обнаружили новых локусов, связанных с СД2.
С помощью анализа транскриптома команде удалось идентифицировать 804 предполагаемых причинных гена, включая 54 гена, возможных мишени для лекарств и соединений, одобренных Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (US Food and Drug Administration).
Исследователи также обнаружили, что у пациентов с СД2 с высоким полигенным риском развития этого заболевания наблюдался повышенный риск развития ретинопатии и хронической болезни почек (ХБП), заболеваний периферических артерий и невропатии. По мнению ученых это может помочь выявить больных сахарным диабетом, подверженных риску развития осложнений.
Войт говорит, что у ученых есть множество стратегий для дальнейшего исследования. Команда планирует проанализировать больше генетических данных, а также дополнительные признаки, связанные с диабетом у членов MVP, такие как ожирение, жировая инфильтрация печени и болезни сердца. Идентификация специфических белков, связанных с повышенной восприимчивостью − это еще один шаг, который Войт хочет предпринять, наряду с использованием вычислительных, коллаборативных или химических скринингов, чтобы обнаружить соединения, которые, возможно, могут быть полезными для терапии. Кроме того, группа проявляет особый интерес к оказанию помощи пациентам с предрасположенностью к диабету, происходящим из афроамериканских и латиноамериканских семей.
«Мы также особенно заинтересованы в использовании всех генетических маркеров в масштабах всего генома для прогнозирования риска диабета, особенно у афроамериканцев и латиноамериканцев, пациентов с самыми серьезными отклонениями в здоровье», − сказал Войт.
Источник перевода: genomeweb.com
Автор: Марианна Королева
Научный консультант: Ольга Хрущова
Спасибо за подписку!
