При диагностике задержки интеллектуального развития более эффективным оказалось секвенирование генома, а не экзома
5 февраля 2024Международная группа учёных во главе с исследователями из Австралии продемонстрировала, что у людей с задержкой интеллектуального развития полногеномное секвенирование может обеспечить более высокий диагностический уровень, чем секвенирование экзома, однако этот метод более дорогостоящий. Результаты работы опубликованы в Genetics in Medicine.
«Несмотря на достижения молекулярной диагностики, примерно половина случаев задержки интеллектуального развития остаётся невыявленной после секвенирования экзома», — говорит соавтор Тони Росчиоли (Tony Roscioli), сотрудник Университета Нового Южного Уэльса (University of New South Wales) и Госпиталя Принца Уэльского (Prince of Wales Hospital). Команда исследователей считает, что секвенирование генома «увеличивает согласованность покрытия кодирующих областей, повышает чувствительность обнаружения структурных вариантов и облегчает выявление некодирующих и митохондриальных вариантов».
В своей работе учёные рассмотрели данные секвенирования экзома, секвенирования коротких прочтений генома, эпигенетических показателей, результаты теста метилирования ДНК EpiSign и секвенирования длинных прочтений 74 человек с задержкой интеллектуального развития в возрасте от 6 до 43 лет, а также их родителей.
Учёные выделили несколько генов-кандидатов, ассоциированных с задержкой интеллектуального развития включая NR2F1, MED13L, YARS1 и SCN2A.
Исследователи отметили, что практически все «генетические виновники», кроме одного, диагностированные с помощью секвенирования генома, были впоследствии выявлены при применении более современного алгоритма секвенирования экзома. Также учёные указали на то, что эпигенетические показатели играют важную роль в небольшой группе заболеваний.
Экономический анализ, проведённый командой, показал, что расходы на диагностику с помощью секвенирования генома в качестве теста первой линии были намного выше, чем при секвенировании экзома с последующим секвенированием генома в «отрицательных» случаях. Примерная стоимость первого метода составила $7 062 за каждый анализ, второго – $4 986.
Учёные подсчитали, что диагностическая тактика первой линии для задержки интеллектуального развития, основанная на секвенировании генома, будет сопоставима по цене с полноэкзомным исследованием, если стоимость секвенирования генома снизится примерно на 61%, то есть до $2 400 на исследование в формате ТРИО (ребёнок-родители).
Используя свой первоначальный алгоритм секвенирования экзома, учёные вычислили, что средняя стоимость диагностики на основе секвенирования экзома составила $3 261, хотя цена снизилась в среднем до $2 739 при применении обновлённого секвенирования экзома.
Команда оценила среднюю стоимость анализа в $5 740 при использовании первоначального алгоритма секвенирования экзома с последующим секвенированием генома и в $4 976 при применении секвенирования генома после современного алгоритма секвенирования экзома.
«Наше исследование показывает, что секвенирование генома в качестве диагностического метода первой линии обеспечивает лучшие результаты, чем современный алгоритм секвенирования экзома, но этот метод является более дорогостоящим», — подытожили авторы.
