Генетики научились выявлять рак яичников на ранней стадии с помощью Пап-теста и секвенирования ДНК
24 декабря 2023Учёные из Италии под руководством исследователей из Университета Humanitas (Humanitas University) разработали тест для выявления серозного рака яичников высокой степени злокачественности (HGSOC) на ранней стадии. Новый метод основан на секвенировании ДНК-образцов, собранных во время обычного цитологического мазка со слизистой шейки матки (Пап-тест, мазки Папаниколау).
В исследовании, опубликованном в журнале Science Translational Medicine, Маурицио Д'Инкальчи (Maurizio D'Incalci) и его коллеги ретроспективно проанализировали 250 архивных образцов мазков Папаниколау, полученных от 113 пациенток, у которых развился рак яичников, и 77 женщин, у которых заболевание впоследствии не развилось. Учёные использовали метод полногеномного секвенирования с низким покрытием, чтобы обнаружить изменения числа копий, связанных с раком яичников.
Данные, представленные в статье, продемонстрировали, что «раннее выявление серозного рака яичников высокой степени злокачественности может быть достигнуто путём изучения геномной нестабильности ДНК, выделенной с помощью секвенирования ДНК с низким покрытием из архивных мазков Папаниколау».
По словам Д'Инкальчи, к этому методу учёные пришли благодаря предыдущим исследованиям, указывающим на наличие мутаций TP53 в ДНК, полученной из мазков пациенток с опухолями яичников. Но поскольку патогенные мутации TP53 могут также обнаруживаться в образцах нормальных тканей, при попытке найти возможные диагностические маркеры ранней стадии рака яичников во внимание был взят больший набор изменений, связанных с HGSOC.
Было выявлено, что группа из 62 человек с раком яичников имела более высокие показатели аномалий числа копий генов (CPA) в ДНК в Пап-тестах по сравнению с контрольной группой. Команда применила оценку CPA для обнаружения геномной нестабильности в 80 образцах HGSOC из проекта Атлас генома рака (Cancer Genome Atlas project, TCGA).
После этого исследователи, используя профили ДНК Пап-тестов для 65 пациенток с раком яичников и 25 здоровых женщин, установили пороговые значения оценки CPA для отрицательных, неопределённых и положительных ранних тестов на рак яичников.
Учёные проанализировали данные TCGA. При исследовании определённых регионов тест показал точность 76,7% и специфичность почти 67,7% при установленной чувствительности 100%. Точность возросла до 81% при чувствительности 75% и специфичности 96%, когда была применена оценка закономерностей изменения числа соматических копий всего генома, а не определённых регионов.
«Это исследование показывает, что ранняя диагностика HGSOC возможна посредством анализа геномных изменений в ДНК из мазков эндоцервикса», — пишут авторы.
Между тем при отслеживании показателей CPA у пациенток, у которых в конечном итоге был выявлен HGSOC, исследователи обнаружили, что анализ определил признаки заболевания ещё за девять лет до постановки диагноза.
В целом у более 75% женщин с HGSOC были признаки анеуплоидии при Пап-тестировании до постановки диагноза, у 9,2% после секвенирования генома с низким покрытием результаты были классифицированы как неопределённые. В образцах, собранных за 2-5 лет до установления диагноза, учёные выявили анеуплоидию и неопределённые результаты в 71% и 14% образцов, соответственно.
Команда предупредила, что необходимы более крупные проспективные исследования для проверки данного подхода и определения его влияния на исходы HGSOC.
«Чтобы продемонстрировать, что тест повышает выживаемость пациенток с HGSOC, проспективное исследование должно включать очень большую популяцию женщин», — пишут авторы. Также учёные отметили, что «относительная простота и экономическая эффективность этой процедуры основывается на серийных анализах, например каждые шесть месяцев или ежегодно, одной пациентки».
