Секвенирование РНК амниотической жидкости имеет потенциальную клиническую значимость для беременных
12 января 2023Учёные педиатрического отделения и отделения акушерства и гинекологии медицинского факультета Ли Ка Шина Гонконгского университета (Li Ka Shing Faculty of Medicine the University of Hong Kong) доказали, что клетки амниотической жидкости можно использовать для секвенирования РНК: такие исследования имеют потенциальную клиническую значимость для беременных. По мнению специалистов, у этого метода есть ряд преимуществ по сравнению с анализом фибробластов или крови. Результаты исследования были опубликованы в журнале Genomic Medicine.
Выявление генетических нарушений у плода влияет на тактику клинического ведения текущей беременности и планирование следующей. Большинство современных технологий пренатальной диагностики основаны на секвенировании ДНК с анализом экзома или панелей генов. На мировом рынке достаточно предложений по проведению неинвазивных пренатальных тестов (общий оборот – более 3,5 миллиардов долларов в год), однако 60-70% генетических патологий плода невозможно выявить этим методом. Поэтому сегодня предпринимаются огромные усилия по улучшению мониторинга беременности.
Новое исследование показало, что секвенирование РНК за счёт обнаружения редких генетических заболеваний может увеличить диагностическую эффективность пренатальных тестов на 10-36% (ранее подобный подход не применялся в пренатальной диагностике). Но внедрение этого метода пока ограничено: существующие крупные базы данных основаны на профилях экспрессии генов в различных тканях у взрослых людей, а данных для клеток амниотической жидкости и других эмбриональных тканей недостаточно.
Чтобы проверить потенциальную клиническую значимость секвенирования РНК клеток амниотической жидкости, исследователи проанализировали профили экспрессии 50 образцов и подтвердили, что уровень хорошо экспрессируемых генов в клетках амниотической жидкости сопоставим с клетками других тканей, которые стандартно используются для диагностики генетических заболеваний. Полученные транскриптомные данные помогли определить молекулярные механизмы, лежащие в основе усиления влияния мутаций в генах CHD7 и COL1A2, а также позволили смоделировать мутацию в гене MYRF in silico и составить прогноз её патогенности.
Исследователи сопоставили результаты секвенирования РНК с клиническими данными четырёх плодов с врождёнными аномалиями развития. Коллеги из Мюнхенского технического университета в Германии (Technical University of Munich) помогли адаптировать биоинформатические алгоритмы, чтобы повысить эффективность обнаружения мутаций. С помощью новой методики у всех четырёх плодов удалось выявить мутации в генах, связанных с соответствующими врождёнными аномалиями, что подтверждает клиническую значимость секвенирования РНК амниотической жидкости.
Исследователи считают, что предложенный подход позволит значительно улучшить диагностику редких заболеваний. Секвенирование РНК клеток амниотической жидкости было впервые рассмотрено в целях пренатальной диагностики и сразу показало потенциальную клиническую значимость. Выявление этиопатогенетической причины — важный аспект персонифицированной медицины, такие исследования необходимо проводить в семьях с отягощённым генетическим анамнезом при планировании или наступлении беременности.
